সম্রাট আকবর পুরো বাংলার উপর অধিকার প্রতিষ্ঠিত করতে পারেননি । বাংলার বড় বড় জমিদাররা মুঘলদের অধিনতা মেনে নেয়নি। ভটি অঞ্চলের জমিদারগন তাদের নিজ নিজ জমিদারিতে স্বাধীন ছিলেন। স্বাধীনতা রক্ষার জন্য এরা একজোট হয়ে মুঘল সেনাপতির বিরুদ্ধে ঝাপিয়ে পড়তেন। বাংলার ইতিহাসে ভাটি অঞ্চলের এ জমিদারগণ বারো ভুঁইয়া নামে পরিচিত। এ বারো বলতে বারো সংখ্যা বুঝায় না। ধারণা করা হয়, অনির্দিষ্ট জমিদার বোঝাতেই বারো শব্দটি ব্যবহার করা হয়েছে।
ঈসা খাঁ
বারো ভুইয়াদের নেতা ছিলেন ঈসা খান। তিনি বাংলার রাজধানী হিসেবে সোনারগাঁও এর পত্তন কিরেছিলেন। সম্রাট আকবরের সেনাপতিরা ঈসা খান অন্যান্য জমিদারের বহুবার যুদ্ধ করেছেন কিন্তু বারো ভুঁইয়া দের নেতা ঈসা খানকে পরাজিত করা সম্ভব হয়নি। ঈসা খাঁর মৃত্যুর পর বারো ভুইয়াদের নেতা হজ ঈসা খানের পুত্র মুসাখান। এদিকে আকবরের মৃত্যু হলে মুঘল সম্রাট হন জাহাঙ্গির। তার আমলেই বাংলায় বারো ভুইয়াদের চুড়ান্ত দমন করা হয়। এ সাফল্যের দাবিদার সুবেদার ইসলাম খান। তিনি বারো ভুইয়াদের নেতা মুসা খানদের পরাস্ত করেন। ফলে অন্যান্য জমিদার গন আত্মসমর্পণ করে। এভাবে বাংলায় বারো ভুইয়াদের শাসনের অবসান ঘটে।